Laboratoire d'oncogénétique

Le laboratoire d’oncogénétique réalise les analyses moléculaires afin d’identifier les anomalies génétiques sur des gènes de prédisposition au cancer. Ces analyses sont à visée diagnostique et concernent les patients ayant été vus en consultation d’oncogénétique. Le laboratoire d’oncogénétique est agréé sous le n°SGARE 2012/373.

Il est référent régional pour les analyses des gènes de prédisposition au cancer du sein ou des ovaires, BRCA1/BRCA2 et  contribue au réseau national formé par le Groupe Génétique et Cancer sous l’égide d’Unicancer.

 

 Contacts :

Procédures à l’intention des clients

Le détail de ces procédures est consultable dans le document « Modalités des prélèvements et de leur acheminement spécifiques aux examens de prédisposition génétique au cancer » 


Recherche de mutation des gènes BRCA1 et BRCA2 en vue d’un traitement anti-PARP de tumeur de l’ovaire :

Les demandes d’examens dans le cadre de la recherche de mutations tumorales des gènes BRCA1 et BRCA2 dans les cancers de l’ovaire pouvant bénéficier d’un traitement par inhibiteur de PARP doivent être faites via le document « Prescription d’Examen de génétique tumorale : Recherche de mutation des gènes BRCA1-BRCA2 en vue d’un traitement anti-PARP de tumeur de l’ovaire »


Recherche de mutation constitutionnelle dans les gènes de prédisposition des cancers du sein et de l’ovaire :

Conditions d’acceptation des prélèvements pour analyse de gène de prédisposition au cancer
Le prélèvement doit être effectué uniquement sous couvert d’une ordonnance ET d’un consentement signé par le patient. 
Les demandes d’examens doivent uniquement être prescrites au sein de consultations de génétique oncologique déclarées.
Elles doivent impérativement spécifier :
- le type d’examen demandé.
- la date et l’heure du prélèvement, le nom et la signature du préleveur 

Le laboratoire se réserve le droit de refuser le prélèvement en cas de non-conformité.

 

Consignes de prélèvements
Les prélèvements sanguins doivent être effectués dans 2 tubes de 5 ml contenant de l’EDTA (tube à bouchon mauve). Agiter doucement par retournements successifs pour mélanger le sang avec l’anticoagulant. Il est  important de prélever la quantité indiquée, car la concentration finale d’anticoagulant influe sur le résultat. Ce type de prélèvement ne demande pas de préparation spécifique.

Certains prélèvements spécifiques s’effectuent occasionnellement, à la demande expresse du prescripteur.

 
  Test diagnostic (Cas index) Test ciblé (Apparenté)
  1er prélèvement 2e prélèvement de confirmation 1er prélèvement 2e prélèvement de confirmation
Sang (Tube EDTA) x x x x
Carte FTA   x x x
Paxgene Sur demande

Consignes d’acheminement
Le prélèvement doit obligatoirement être accompagné :
- de l’ordonnance
- du consentement signé par le patient (qui a été remis au patient par le prescripteur) ou de l’attestation du prescripteur de son existence.
- de la demande d’examen complétée.
Le prélèvement est transféré au laboratoire d’oncogénétique, selon les modalités en vigueur (cf. paragraphe ci-dessous « Modalité d’envoi des prélèvements »).
Si le prélèvement ne peut être transmis le jour même, il doit être conservé au réfrigérateur.
Le prélèvement doit parvenir au laboratoire au maximum dans les 3 jours.

Modalités d’envoi des prélèvements
Le transport est de la responsabilité de l’expéditeur.
Le transport de matériel biologique doit se faire dans le cadre de la réglementation (ADR) en fonction de la catégorie de l'échantillon : les échantillons de diagnostic ou cliniques UN 3373.

Comment définir la catégorie à laquelle appartient l’échantillon ?
Tous les prélèvements appartenant à la catégorie «échantillons de diagnostic ou cliniques UN 3373» doivent être expédiés dans des emballages P650 à l’exception des matières infectieuses, «UN 2814», comprenant les agents de la catégorie A, qui doivent être expédiées dans des emballages P620.

Conditions d’envoi des échantillons cliniques ou diagnostic UN 3373
Suivre les instructions ADR : P650 (par route) ou IATA : 650 (par air)

1. Triple emballage : "de bonne qualité et suffisamment solide" dans les conditions normales du transport ; résistant aux incidents usuels de transbordement ; avec absorbant, calage.
Le récipient primaire et l’emballage secondaire doivent être étanches.

2. Etiquetage sur l'emballage extérieur : Marquage du N° UN 3373 dans un losange avec un fond de couleur contrastant avec le marquage ; de plus, la largeur de la ligne du losange doit être au moins de 2mm et la hauteur des lettres et des chiffres d'au moins 6 mm de haut. Indiquer également le nom, l'adresse et le N° de téléphone du responsable

3. Documents de transport : 
- pour le transport sur route (ADR) : aucune obligation
- pour le transport aérien (IATA) : pas de déclaration de marchandise dangereuse, mais mentionner sur la facture ou tout autre document accompagnant : le nom, l'adresse et le N° de téléphone du responsable de l'expédition à joindre en cas d'incident ainsi que "CLINICAL SPECIMENS" et "UN 3373"

Si transport de plusieurs emballages primaires ou récipients (échantillons biologiques) dans un même colis : il faut les emballer séparément avant de les disposer dans l’emballage secondaire.

Transport à température dirigée :
Le réfrigérant est placé à l'extérieur de l'emballage secondaire étanche
- dans un emballage tertiaire isolant, étanche si l'on utilise un fluide réfrigérant,
- non étanche s'il s'agit de carboglace.

L'emballage secondaire doit demeurer calé après liquéfaction ou sublimation du réfrigérant.
Le transport d’échantillon destiné au laboratoire d’oncogénétique peut se faire à température ambiante s’il ne dépasse pas 1 jour.
En cas de suremballage celui-ci doit être marqué dans les mêmes conditions

Pour plus d’informations, vous pouvez vous reporter sur le document de l'OMS : Transport des matières Infectieuses 

Transmission du compte-rendu de résultat :
Les résultats sont rendus sous format papier. Le compte rendu de résultat est signé par le biologiste agréé et transmis uniquement au médecin prescripteur. Tous renseignements complémentaires concernant la prescription ou le compte-rendu de résultats peuvent être obtenus auprès des biologistes du laboratoire.

Le délai de rendu de résultat est fonction du type d’examen. Il varie d’un mois à six mois (se conférer au document « Modalités des prélèvements et de leur acheminement spécifiques aux examens de prédisposition génétique au cancer"